大学共同利用機関は、研究者コミュニティによって運営され、国内外の研究者に研究の場を提供し、先端的な共同研究を行う中核 的研究拠点です。
全国の国公私立大学の研究者のための学術研究の中核拠点として、個別の大学では整備や維持が困難な、
（1）大規模な施設や設備
（2）膨大な学術資料やデータなどの知的基盤
（3）ネットワーク型共同研究や新分野開拓のための中核的機能と場
を全国の研究者の利用に供し、効果的な共同研究を実施することで、我が国の学術研究の発展に重要な貢献をしています。
大学共同利用機関は、独自性と多様性を持ちながら、それぞれの研究分野における中核的研究拠点（COE：Center of Excellence）として、重要な研究課題に関する先導的研究を進める世界トップレベルの研究機関で、海外の研究機関や研究者との協力・交流を推進し国際的中核拠点としての役割をも果たしています。
大学共同利用機関は、世界に誇る我が国独自の学術研究推進のシステムです。それぞれの大学共同利用機関には、外部の研究者を含む運営会議や各種の委員会が設置され、研究者コミュニティーに開かれた運営がなされています。また、大学の研究者による円滑な共同利用、共同研究を図るため、教員制度、中期目標・中期計画に基づく運営、評価システムなど、国立大学法人に準じたものとなっています。
大学共同利用機関は、総合研究大学院大学（略して総研大）の基盤機関として、高度な大学院教育を担っています。総研大は、神奈川県の葉山町に本部を持ち、大学共同利用機関等に大学院生を分散配置し、ユニークな博士課程教育を展開しています。
また、国公私立大学の大学院生を受入れ、大学院教育に協力しています。
