機構には、本部を置き、人間文化研究を推進する６つの大学共同利用機関を統括しています。
本部には、監査室、機構長戦略室、情報基盤室、人間文化研究創発センター、事務局等を置いています。機構長戦略室では、機構に期待される役割や早急に取り組むべき課題等に関して、様々な情報の収集や分析を行い、外部有識者の意見も取り入れながら、機動的に対応案を作成していきます。
また、教育研究評議会、経営協議会を通じて外部の知見を法人経営に生かすとともに、外部評価委員会を設置して研究者コミュニティや社会の意見を取り入れる仕組みを整えています。
