機構には、本部を置き、人間文化研究を推進する６つの大学共同利用機関を設置しています。
本部には、監査室、機構長室、情報基盤室、人間文化研究創発センター、事務局等を置いています。機構長室では、機構の組織・運営に関して、総合的かつ戦略的に審議する必要があると機構長が認める事項について、企画調整、調査、分析及び立案を行います。
また、外部の知見を法人経営に生かすために、機構外の専門的知見を有する者の法人経営への参画を一層推進するとともに、研究者コミュニティの意見を機構や各機関の運営に効果的に取り入れる仕組みを整えています。 さらに、運営状況の積極的な情報発信を通じて、開かれた運営の推進を図っています。
