人間文化の新たな価値体系の創出に向けて、国内外の研究機関や地域社会等と組織的に連携し、現代的諸課題の解明に資する「基幹研究プロジェクト」を推進しています。基幹研究プロジェクトは、下の３つの類型から構成されています。
また、機関・東北大学・神戸大学を中心拠点として、地域における資料保全と歴史文化研究を推進し、地域社会における歴史文化の継承と創成を目指す「歴史文化資料保全の大学・共同利用機関ネットワーク事業」を実施しています。